2006年1月6日，工程指挥部召开2006年全体工程人员动员大会，BEPCII工程进入关键之年。

　　2006年1月10日，BESIII国际合作组正式成立。

　　2006年3月2日，BEPCII储存环隧道主体设备安装正式开始。

　　2006年3月14—16日，科学院组织专家对BEPCII工程进行现场检查。

　　2006年4月7—8日，BEPC国家实验室召开第三届学术委员会第一次全体会议。

　　2006年4月26—28日，第四次BEPCII国际加速器顾问委员会（IMAC）会议。

　　2006年5月15日，BESIII超导磁体阀箱试验取得成功。

　　2006年5月23日，BEPCII直线加速器50Hz试运行成功。

　　2006年6月16日，BEPCII中央控制室正式投入使用。

　　2006年6月26日，BEPCⅡ首个超导高频腔高功率测试达到设计指标。

　　2006年7月11日，BEPCII工程隧道外预准直安装工作圆满结束。

　　2006年7月31日，BEPCII储存环隧道内磁铁安装基本完成。

　　2006年8月17日，BEPCII直线加速器通过预验收测试。

　　2006年9月10日，BEPCII储存环内的磁铁单元全部安装完成。

　　2006年9月18日，召开2006年BEPCII第二阶段全体工程人员动员大会。

　　2006年9月18日，BEPCII储存环隧道主体设备安装完毕。

　　2006年9月19日，BESIII超导磁体研制成功。

　　2006年10月22日，BEPCII储存环对撞区磁铁安装完毕。

　　2006年10月29日，储存环主体设备完成安装。

　　2006年11月12日，电子束顺利通过输运线。

　　2006年11月18日，BEPCII成功实现电子束在储存环中的积累。

　　2006年12月23日，BEPCII低温系统1000L杜瓦阀箱改造圆满成功。