2013年12月30日，美国物理学会主编的《物理》杂志公布了2013年国际物理领域重要成果，“发现四夸克物质”位列十一项成果之首。 

　　1月10日，高能物理研究所“北京谱仪II实验发现新粒子”项目荣获2013年国家自然科学二等奖。 

　　1月10日，中国科学院院长、党组书记白春礼给高能所发来贺信，对“北京谱仪II实验发现新粒子”荣获2013年国家自然科学二等奖表示祝贺。 

　　1月25日，在北京正负电子对撞机BEPCII和北京谱仪BESIII工作人员的共同努力下，BESIII国际合作组完成2013-2014运行年度第一个物理课题取数计划，即重粲偶素能区R值扫描实验。 

　　3月11日，中国科学院条件保障与财务局组织专家，对高能物理研究所承担的中科院重大科技基础设施维修改造项目“BEPCII直线加速器能量提升”进行工艺测试。在整个测试过程中，直线加速器运行稳定可靠，总体性能达到了任务书确定的目标。  

　　4月6日凌晨4时，在北京正负电子对撞机中央控制室调束人员的辛勤努力下，第二条带有扭摆磁铁的同步辐射光束线开始BEPCII兼用模式下的供光运行。 

　　2014年北京-试验束装置第一轮运行与同步辐射应用的运行时间同期进行，自6月12日起至7月25日结束。此轮试验束装置运行过程中，直线加速器状态稳定，试验束装置束流利用率也较高，束流状态较好，一般每天试验束供束时间20小时以上。 

　　9月12日到10月31日，BEPCII为用户提供了本年度第二次同步辐射专用光。在此次同步辐射专用模式运行期间，为用户提供了1033.21小时的有效机时。本轮专用光期间，BSRF除了对外开放运行外，也为高能同步辐射光源验证装置的一些项目提供了测试机时。 

　　“北京谱仪III观测到一种包含至少4个夸克的带电粒子”入选2013年度“中国科学十大进展”。

　　11月18日，BEPCII在设计能量（1.89GeV）下，620mA双束对撞，亮度达到7.15×10³²cm^-2s^-1！超越了7.08×10³²cm^-2s^-1的原纪录。11月19日，对撞亮度再次突破，超越8.0×10³²cm^-2s^-1，达到了8.04×10³²cm^-2s^-1。 11月20日，对撞亮度再创新高，达到了8.53×10³²cm^-2s^-1。
       11月29日至12月3日，北京谱仪-III(BESIII)国际合作组2014冬季合作组会议召开。高能所、北京大学、清华大学等国内十多家大学、科研院所，及美国夏威夷大学、明尼苏达大学等国际合作单位约200余名科学家出席会议。