3月12日到15日，北京谱仪-III(BESIII)国际合作组2015秋季物理软件研讨会在南开大学召开。

　　4月5日凌晨，对撞亮度达到9.98×10³²cm^-2s^-1，创造了该能区对撞亮度的最新世界纪录。 

　　4月5日22:29，BEPCII实现对撞亮度1×10³³cm^-2s^-1，成功达到了BEPCII对撞亮度设计指标，标志着对撞机的性能达到改造前的100倍，同时再次刷新了该能区对撞亮度的世界纪录。

　　4月12日，北京正负电子对撞机重大改造工程（BEPCII）对撞亮度顺利通过由中国科学院条件保障和财务局组织的测试鉴定。 

　　6月13日至17日，北京谱仪国际合作组（以下简称BESⅢ合作组）2016年夏季年会在华中师范大学成功举办。

　　6月22日，“北京谱仪端盖飞行时间探测器及主漂移室内室改造”项目通过工艺测试。

　　6月29日至7月29日，北京正负电子对撞机重大改造工程（BEPCII）为用户提供了本年度第一次同步辐射专用光。

　　8月10日至12日,2016年北京同步辐射装置（BSRF）用户学术年会暨专家会在福州召开。

　　8月24日至26日，北京正负电子对撞机（BEPC）第二十一届年会在吉林省长春市召开。

　　9月24日至26日，北京谱仪Ⅲ（BESⅢ）合作组2016年秋季物理软件研讨会在中科院高能所举办。

　　2016年北京-试验束装置分别在6月底至7月初及10月进行了两轮开放运行。

　　10月2日到11月21日，北京正负电子对撞机重大改造工程（BEPCII）为用户提供了本年度第二次同步辐射专用光。

　　11月12日至16日，北京谱仪III（BESIII）国际合作组2016年冬季合作组会议在中科院高能所召开。
        12月8日，生物学著名刊物《当代生物学》发表了疑似鸟类化石的无损研究成果。本次研究成果由中科院高能所和古生物学家利用北京同步辐射装置（BSRF）的同步辐射硬X射线（SRX）相位衬度CT、X射线荧光成像和X射线吸收谱以及上海同步辐射光源（SSRF）的SRX相位衬度CT等方法合作完成。

        12月29日，中国科学院重大科技基础设施维修改造项目“北京谱仪端盖飞行时间探测器及主漂移室内室改造” 通过中国科学院条件保障与财务局组织的验收。